A configuração das pastas tmp e logs do JOOMLA necessitam do caminho absoluto.
Acesse a administração do JOOMLA, vá em Site e clique em Configuração Global.
Será necessário ajustar o caminho físico na aba sistema e na aba servidor.
Como encontrar o caminho absoluto?
Você pode criar um arquivo na raiz do website com o nome (caminho.php) e com o seguinte conteudo:
<?php $path = getcwd(); echo "Seu endereço tmp: "; echo ''. $path .'/tmp'; echo '<br />'; $path = getcwd(); echo "Seu endereço logs: "; echo ''. $path .'/logs'; ?>
Após salvar o arquivo na raiz do website, você pode acessar dessa forma: http://www.seudominio.com.br/caminho.php
O resultado desse arquivo será algo assim:
Seu endereço tmp: /home/seudomino/htdocs/web/tmp
Seu endereço logs: /home/seudominio/htdocs/web/logs
Com este resultato, basta aplicar os caminhos na configuração do JOOMLA.
Fonte: http://ajuda.beesoft.com.br/topico/joomla-pastas-tmp-e-log